Genetički algoritmi
i bioinformatika
| |
Smjer: |
Teorijska kompjuterska nauka |
| |
Semestar: |
X
|
| |
Tip kursa: |
Izborni |
| |
Fond sati: |
2+0+2 |
| |
Broj
ECTS kredita: |
6 |
Nastavni program:
-
Bioinformacija: Definicija bioinformatike;
Zadaci i cilj bioinformatike; Uvod u osnove molekularne biologije; Bazna
arhitektura ćelija; Struktura DNA; Geni i proteini; Genom, proteom,
transkriptom, centralna dogma; Crick-Watson model;
-
Softverski resursi: Baze podataka; Data
mining; Računarske asocijacije sa biološkim procesima;
-
Softverski alati: Perl; Blasta; FASTA;
PDBFIND baze podataka; MATLAB Bioinformatic Toolbox;
-
Klasične metode i algoritmi u bioinformatici:
Probabilistički pristup; Bayes-ova teorema; HMM model; Metod najbližeg
susjeda; Metoda klasteringa; Metoda drveća identifikacije;
- Bioinspirirane metode
i algoritmi u bioinformatici: Neuronske mreže; Evolucioni algoritmi;
Genetički algoritmi; Multi-ciljni genetički algoritmi;
-
Analiza DNA sekvenci: Uparivanje sekvenci;
Uparivanje višestrukih sekvenci; Vizuelizacija uparivanja sekvenci; Biološki
kodovi; Manipulisanje sekvencama; Statistike iz sekvenci; Primjeri;
- Microarray analiza:
Microarray normalizacija; Microarray vizuelizacija; Primjeri;
-
Analiza i predikcija proteinskih struktura:
Deterministički uzorci; Stohastički uzorci; Predikcija sekundarne strukture
na bazi neuronskih mreža; Vizuelizacija proteinskih struktura;
Literatura:
- Bryan Bergeron:
Bioinformatics Computing, Prentice Hall PTR, 2002
-
Cynthia Gibas, Per Jambeck: Developing
Bioinformatics Computer Skills, O'Reilly, 2001
- James Tisdall:
Begining Perl for Bioinformatics, O'Reilly, 2001
- Bioinformatics
Toolbox, The MathWorks, 2003
- Zikrija Avdagić:
Vještačka inteligencija & fuzzy-neuro-genetika, Grafoart, 2003
Nastavni program:
-
3D geometrijski modeli; 2D i 3D parametarske
krive i površi; 2D i 3D matrice transformacija;
-
Reprezentacija 3D geomterijskih objekata;
-
Pojam scene; Perspektivna projekcija;
-
Problem vidljivosti; Algoritmi za
eliminaciju skrivenih površi; Algoritmi sjenčenja;
-
Virtualna stvarnost; Osnove VRML-a;
-
Standardne biblioteke kompjuterske grafike;
OpenGL biblioteka i njene primjene; Korištenje OpenGL biblioteke za
modeliranje 3D objekata;
-
Softverski paketi za 3D modeliranje;